ここでは、シリーズに登場した「凶器」について分類してみた。分類に際しては「殺害を意図して被害者を死に至らしめた犯行で直接の死因となったもの」を凶器と定義し、殺害の意図が感じられない犯行や事故によるものは「過失・事故」に、殺害の意図があっても死に至らしめなかったものは「未遂」としてカテゴライズした。なお、Episode13『笑うカンガルー』の野田ひかるによる“つきとばし”は意図や方法が明確に描かれていないため、ここでは割愛した。また、Episode25『消えた古畑任三郎』の「金庫室」は殺害意図がなく被害者を死に至らしめたものでもないため、Episode40『今、甦る死』の天馬による「操り」は劇中で殺人事件として立件されなかったため、これもここでは割愛した。併せてご了承願いたい。
（注：以下はネタバレを含みます）
- 鈍器類…14回
Ep. サブタイトル 凶器 03 笑える死体 バット 05 汚れた王将 灰皿 11 さよなら、DJ スパナ 13 笑うカンガルー 灰皿 14 しゃべりすぎた男 水差し 15 笑わない女 ダンベル 17 赤か、青か 懐中電灯 18 偽善の報酬 小銭を詰めた袋 22 間違えられた男 石 27 黒岩博士の恐怖 パター 33 絶対音感殺人事件 灰皿 34 哀しき完全犯罪 懐中電灯 39 すべて閣下の仕業 ブロンズ像 40 今、甦る死 特殊警棒 
- 死には至らなかったが殴り倒したものに、Episode20『動機の鑑定』の壺がある。
- Episode15『笑わない女』の鉄パイプは、被害者に重傷を負わせるものとして使用された（ゆえに、宇佐美は被害者を触ってとどめを刺すことができた）。
- 銃器類…8回（件数9件）
Ep. サブタイトル 凶器 12 最後のあいさつ 32口径のブローニング 16 ゲームの達人 自動式拳銃（被害者2名） 20 動機の鑑定 リボルバー拳銃 22 間違えられた男 猟銃 29 忙しすぎる殺人者 9mm口径自動拳銃 31 アリバイの死角 コンマ25口径の自動式拳銃 37 最後の事件 拳銃 42 ラスト・ダンス 自動式拳銃 - 薬物・毒物類…7回
Ep. サブタイトル 凶器 08 殺人特急 カリウム？（劇中では未確定） 10 矛盾だらけの死体 睡眠薬 21 魔術師の選択 青酸カリ 23 ニューヨークでの出来事 オキサミル 24 しばしのお別れ ジギタリス 27 黒岩博士の恐怖 劇薬 41 フェアな殺人者 ストリキニーネ - 睡眠薬は、Episode08『殺人特急』、Episode24『しばしのお別れ』で被害者を眠らせるために使用された。
- Episode31『アリバイの死角』ではアリバイ工作のために麻酔が使用された。
- 刃物類…4回
Ep. サブタイトル 凶器 07 殺人リハーサル 日本刀 20 動機の鑑定 日本刀 28 若旦那の犯罪 ナイフ 30 古畑、風邪をひく 日本刀 - 「刃物で刺し殺すのは残酷」というクレームが入るため、ほぼ日本刀による「斬殺」。
- ナイフの場合でも刺殺ではなく、頸動脈を切るという方法だった。
- 絞具類…2回
Ep. サブタイトル 凶器 04 殺しのファックス 紐状のもの 26 古畑任三郎 vs SMAP ロープ - 爆発物…1回
Ep. サブタイトル 凶器 35 完全すぎた殺人 「考える人」像に仕掛けた爆弾 - 電気…1回
Ep. サブタイトル 凶器 06 ピアノ・レッスン スタンガン - 庫…1回
Ep. サブタイトル 凶器 01 死者からの伝言 金庫室（閉じ込めによる窒息死） - 石器…1回
Ep. サブタイトル 凶器 40 今、甦る死 旧石器時代の尖頭器 - 過失・事故…6回
Ep. サブタイトル 凶器 02 動く死体 車で轢き逃げ 02 動く死体 机に頭を強打 09 殺人公開放送 石で殴る 19 VSクイズ王 衣装ケースに頭を強打 36 雲の中の死 飛行機が揺れて頭を強打 40 今、甦る死 猟銃の暴発 - 未遂…5回
Ep. サブタイトル 凶器 10 矛盾だらけの死体 置物（鵜野・1回目） 10 矛盾だらけの死体 注射器（鵜野・2回目） 17 赤か、青か 時限爆弾 32 古い友人に会う 拳銃 43 古畑中学生 不明
最後に、今回の調査結果をグラフにまとめてみた。ご参照頂ければ幸いである。
